Съгласно Регламент (EC) № 1083/2006 Оперативна програма "Транспорт" 2007 -2013 г. е дефинирана на ниво приоритетни оси, подчертавайки най-важните операции.

ОПТ има пет приоритетни оси, четири от които се отнасят за отделни транспортни сектори.

Приоритетните оси по ОПТ и бенефициентите по тях са:
Приоритетна ос I - Развитие на железопътната инфраструктура по Транс-европейските и основните национални транспортни оси
Бенефециенти:

Национална компания „Железопътна инфраструктура"

„Метрополитен” ЕАД

Приоритетна ос II - Развитие на пътната инфраструктура по Транс-европейските и основните национални транспортни оси
Бенефециенти:

Агенция "Пътна инфраструктура"

Национална компания „Стратегически инфраструктурни проекти”

Приоритетна ос III - Подобряване на интермодалността при превозите на пътници и товари
Бенефициенти:

„Метрополитен" ЕАД

Национална компания „Железопътна инфраструктура"

Държавно предприятие „Пристанищна инфраструктура”

Приоритетна ос IV - Подобряване на корабоплаването по морските и вътрешните водни пътища
Бенефициенти:

Изпълнителна агенция „Проучване и поддържане на река Дунав"

Държавно предприятие „Пристанищна инфраструктура"

Приоритетна ос V - Техническа помощ
Бенефициенти:

Управляващ орган на ОПТ

Министерство на регионалното развитие и благоустройството

„БДЖ – Пътнически превози” ЕООД

Всички бенефициенти