Бенефициентите по ОПТ са определени предварително. Това са: Национална компания „Железопътна инфраструктура" (НКЖИ), Агенция „Пътна инфраструктура", Национална компания „Стратегически инфраструктурни проекти”, „Метрополитен" ЕАД, Държавно предприятие „Пристанищна инфраструктура", Агенция „Проучване и поддържане на река Дунав" (АППД), дирекция "Благоустройство и проекти" в Министерство на регионалното развитие и Дирекция „Координация на програми и проекти" в Министерството на транспорта, информационните технологии и съобщенията, Управляващ орган на ОП „Транспорт".

Бенефициентите инициират и изпълняват индивидуалните проекти и получават публични средства. Те също така, имат правото да бъдат информирани за продуктите или услугите, които могат да се доставят по един проект, финансовия план, времевите ограничения за изпълнение на проекти, и финансовата и друга информация. Тези изисквания са заложени подробно в договорите/писма с предложения представени на бенефициентите когато техните проекти са одобрени.

Всеки от първите четири бенефициента има индикативен списък с проекти за изпълнение.