Съгласно Регламент (EC) № 1083/2006 Оперативна програма "Транспорт" 2007 -2013 г. е  дефинирана на ниво приоритетни оси, подчертавайки най-важните операции. ОПТ има пет приоритетни оси, четири от които се отнасят за отделни транспортни сектори.

Приоритетните оси по ОПТ и бенефициентите по тях са: 
Приоритетна ос I - Развитие на железопътната инфраструктура по Транс-европейските и основните национални транспортни оси
Бенефециент: Национална компания „Железопътна инфраструктура"

Приоритетна ос II - Развитие на пътната инфраструктура по Транс-европейските и основните национални транспортни оси
Бенефециент: Агенция "Пътна инфраструктура"

Приоритетна ос III - Подобряване на интермодалността при превозите на пътници и товари
Бенефициенти:

• Столична община - „Метрополитен" ЕАД;
• Национална компания „Железопътна инфраструктура".

Приоритетна ос IV - Подобряване на корабоплаването по морските и вътрешните водни пътища
Бенефициенти:

• Изпълнителна агенция „Проучване и поддържане на река Дунав";
• Държавно предприятие „Пристанищна инфраструктура".

Приоритетна ос V - Техническа помощ
Бенефициенти:

• Управляващ орган на ОПТ;
• Всички бенефициенти.