Всички бенефициенти по ОПТ имат изградени вътрешни структури, които осигуряват в добра степен процесите по подготовка, изпълнение, управление, наблюдение и контрол на проектите по Оперативна програма „Транспорт". Това е един от изводите в доклада на Консорциум „Еко-Вико", извършил оценка на тема „Изследване на процеса на изпълнение на проекти на ниво крайни бенефициенти" на ОПТ. В рамките на оценката бяха изследвани всички шест бенефициента по Програмата: Национална компания „Железопътна инфраструктура"; Агенция „Пътна инфраструктура"; „Метрополитен" ЕАД; Държавно предприятие „Пристанищна инфраструктура"; Изпълнителна Агенция „Проучване и поддържане на река Дунав" и Управляващия орган на ОПТ.
Основните области на оценка включваха оценка на капацитета на бенефициентите; на ефективността при изпълнение на процедурите; идентифициране на проблеми при изпълнението на проектите; представяне на добри практики и анализ на възможностите за техния обмен между бенефициентите.
Обобщените резултати от оценката по тематичната област за ефективността при изпълнение на процедурите от страна на бенефициентите по ОПТ показват, че разделението на функциите и отговорностите между УО на ОПТ и бенефициентите е подходящо. Анализът на консултанта сочи, че при изпълнение на процедурите за подготовка на проекти, УО на ОПТ има най-висока степен на ефективност, следван от АПИ и НКЖИ. Като основни причини за намаляване на ефективността на процедурите и забавяне на проектите по ОПТ са посочени липсата на проектна готовност и неуспешните тръжни процедури.
Оценката показва, че всички бенефициенти срещат трудности при провеждането на тръжни процедури, при някои от бенефициентите са идентифицирани проблеми с капацитета за подготовката на големите инфраструктурни проектите, в т.ч. и изготвянето на формуляри за кандидатстване.
В рамките на извършената оценка, като пример за добра практика е идентифициран изпълняваният от „Метрополитен" ЕАД проект за разширение на Софийското метро. Успехът на проекта се дължи на създадената добра организация от страна на бенефициента за оценка на риска, разработената двойна система на мониторинг и контрол, както и ангажираността на всички участници в процесите на изпълнение и управление на проекта.
Оценката и анализът на изпълнението на проектите по ОПТ на ниво крайни бенефициенти обхваща периода от 2007 г. до 30.06.2011 г. и е изпълнен съгласно Индикативния план за оценка на ОПТ. Изпълнителят - консорциум „Еко-Вико", е избран след проведена обществена поръчка, като извършената оценка има за цел да подобри качеството, ефективността, въздействието, устойчивостта и съответствието на помощта, предоставяна от Кохезионния фонд, Европейския фонд за регионално развитие и националния бюджет.
Извършената оценка е реализирана по проект BG161PO004-5.0.01-0040 „Независими оценки на Оперативна програма „Транспорт" 2007-2013 г." и се финансира по Приоритетна ос 5 „Техническа помощ" на ОПТ чрез Европейския фонд за регионално развитие.