Съгласно Регламент (EC) № 1083/2006 Оперативна програма "Транспорт" 2007 -2013 г. е дефинирана на ниво приоритетни оси, подчертавайки най-важните операции.
ОПТ има пет приоритетни оси, четири от които се отнасят за отделни транспортни сектори.
Приоритетните оси по ОПТ и бенефициентите по тях са:
Приоритетна ос I - Развитие на железопътната инфраструктура по Транс-европейските и основните национални транспортни оси
Бенефециенти:
Национална компания „Железопътна инфраструктура"
Приоритетна ос II - Развитие на пътната инфраструктура по Транс-европейските и основните национални транспортни оси
Бенефециенти:
Агенция "Пътна инфраструктура"
Национална компания „Стратегически инфраструктурни проекти”
Приоритетна ос III - Подобряване на интермодалността при превозите на пътници и товари
Бенефициенти:
Национална компания „Железопътна инфраструктура"
Държавно предприятие „Пристанищна инфраструктура”
Приоритетна ос IV - Подобряване на корабоплаването по морските и вътрешните водни пътища
Бенефициенти:
Изпълнителна агенция „Проучване и поддържане на река Дунав"
Държавно предприятие „Пристанищна инфраструктура"
Приоритетна ос V - Техническа помощ
Бенефициенти:
Министерство на регионалното развитие и благоустройството
„БДЖ – Пътнически превози” ЕООД
Всички бенефициенти